Le 12e congrès de l’Association Francophone d’Écologie Microbienne

Après 11 éditions organisées par nos collègues des Universités et des organismes nationaux de la recherche, l’UMR Agroécologie (INRAE, Institut Agro Dijon et Université de Bourgogne Europe) a l’honneur d’organiser la 12ème édition du colloque de l’Association Francophone d’Ecologie Microbienne (AFEM) qui se déroulera du 18 au 21 novembre 2025 à Beaune (Bourgogne Franche-Comté). Cette 12ème édition sera la première en Bourgogne Franche-Comté au coeur des Climats de Bourgogne (https://premc.org/afem/prochain-colloque-de-lafem/).

Le colloque de l'AFEM est international et francophone : il a pour objectif de réunir des écologues microbiens s'intéressant à différents environnements (aquatiques, terrestres, alimentaires) et à différents domaines du vivant (bactéries et/ou archées et/ou micro-eucaryotes, et leurs virus associés) pour échanger des idées, outils, approches, résultats et de théories entre écologues microbiens afin d'initier ou de renforcer des collaborations scientifiques. Cet événement a pour ambition de couvrir l’écologie microbienne environnementale depuis la génomique environnementale jusqu’aux applications directes ou en cours de développement.

Ce colloque d’une durée de 4 jours, est organisé tous les deux ans depuis 2003. Cet évènement rassemble en général entre 150 et 200 chercheurs, permanents ou étudiants de différents organismes nationaux de recherche (INRAE, CNRS, IRD et CIRAD), des universités et de sociétés privées. Des chercheurs reconnus par leur paire sont invités à présenter des conférences introductives des sessions sous la forme de synthèses scientifiques. Ce colloque est l’occasion pour des jeunes chercheurs (master2, doctorant, post-doctorant) de présenter leurs travaux sous forme de communications orales ou d’affiche.

L'objectif de ce colloque est de présenter et de discuter des résultats récents obtenus par différentes approches pluridisciplinaires et complémentaires associant par exemple la mise en culture, les outils «omics» de la génomique environnementale (métagénomique, métatranscriptomique, métaprotéomique, métabolomique ), la biogéochimie, l’écotoxicologie ou l’écophysiologie. Différents échelles et organismes seront abordées depuis la molécule jusqu’à l’écologie des écosystèmes et des territoires.

Pour cette douzième édition nous envisageons le programme provisoire suivant :

• Session 1 : Ecologie des communautés microbiennes dans les écosystèmes
• Session 2 : Interactions microbiote-hôte et microbiote-microbiote
• Session 3 : Microbiote, fonction écologique et services écosystémiques
• Session 4 : Ecologie des perturbations : microbiote, anthropocène et changement climatique
• Session 5 : Biotechnologies microbiennes pour la durabilité des écosystèmes

Chacune des 5 sessions sera menée sur une demi-journée basée sur des présentations orales ou sous forme d’affiches de travaux récents dans les domaines concernés. Chaque session sera introduite par un conférencier invité.

En plus, de ce programme scientifique, une action de médiation scientifique ouvert au grand public sera organisée dans une des soirées du colloque sur le thème de l’importance des microbiotes pour la vigne et le vin des climats de Bourgogne avec la contribution d’acteurs renommés de la filière viti-vinicole bourguignonne.