L’expertise microbiologique : prévenir et contrôler les flores d’altération

La contamination microbiologique est l’un des risques majeurs encourus par la production industrielle agroalimentaire. Si certains Escherichia coli ou Salmonella spp sont des pathogènes bien connus et caractérisés, les flores d’altération sont souvent sous-estimées et/ou non maitrisées. Ces micro-organismes altèrent la durée de vie du produit, son goût et son apparence sans être forcément dangereuses pour l’Homme.

Comment les détecter ? Comment contrôler leur prolifération ? Quelles peuvent être les sources de contamination ?

Escherichia coli, Listeria monocytogenes, Salmonella spp, … Ces flores bactériennes sont bien identifiées et connues de l’industrie agroalimentaire, car certaines d’entre elles représentent un risque pathogène important. Il est possible de les détecter et de les tracer dans les usines et ateliers avec de nombreuses techniques analytiques. Cependant, il existe un autre type de flores capable de se développer et de détériorer les produits alimentaires : les flores d’altération. Longtemps sous-estimées, elles sont spécifiques d’une matière première, d’un produit ou de l’environnement d’une usine et se développent sans être détectées jusqu’à engendrer des problèmes de déviations organoleptiques du produit fini.

Une flore d’altération peut être définie comme un ensemble de micro-organismes que l’on retrouve dans le produit ou les process industriels. Cette flore peut se développer au cours de l’élaboration ou la transformation du produit, créer des déviations organoleptiques, visuelles ou structurelles et diminuer sa date limite de consommation. Ces micro-organismes ne sont pas obligatoirement dangereux pour l’Homme mais peuvent modifier l’aspect et le goût du produit final.

Alcool, acide citrique, acide acétique : ce sont des flores qui sont généralement très résistantes avec une grande capacité d’adaptation même en présence de ces composants et/ou dans des conditions stressantes pour ces micro-organismes. Cela peut être problématique d’autant plus qu’il est parfois impossible de traiter thermiquement ou chimiquement les produits contaminés. La plupart du temps importées via les matières premières, elles s’adaptent aux conditions au cours des process pour se développer, entraînant en parallèle des altérations au produit. Cette flore d’altération peut également se retrouver sous forme de biofilms, ce qui complique son éradication.

Comment les étudier ? Comment détecter, identifier, suivre et contrôler les flores d’altération ? Ingénieur en génie biologique, docteur en biologie humaine et fondateur de la société Nexidia pour le premier,  docteur en microbiologie et directeur du laboratoire pour le second, Patrice Arbault et Nicolas Desroche nous apportent leur point de vue d’expert sur les flores d’altération.

La prévention : un mot d'ordre

D’après Nicolas et Patrice, il n’existe pas de solution miracle pour éradiquer les biofilms. « Il faut souvent revoir ou améliorer la conception de l’usine pour agir sur un plan préventif. Design d’usine intelligent sans zones difficiles à nettoyer, des procédures de nettoyage adaptées, une chaîne de transformation facilement nettoyable, … Nous aidons nos clients à déterminer des éléments d’amélioration pour optimiser la prévention et le contrôle des flores d’altérations », explique Nicolas. En plus d’identifier et de caractériser les flores d’altérations présentes, Nexidia peut également développer des tests de détection spécifique propre à chacun de leurs partenaires industriels et cela pour permettre une détection plus aisée, plus précoce pour anticiper et prévenir les contaminations.

Flore d'altération

Comment l’étudier ?

« Des industriels viennent souvent nous voir pour un problème de stabilité de leur produit. Pour étudier la flore d’altération, on commence tout d’abord par s’intéresser à la composition du produit. Il faut remonter la chaîne d’usine du produit fini aux matières premières, réaliser des prélèvements, étudier l’environnement de l’usine et l’origine des matières premières. La contamination peut venir des ingrédients, des machines de fabrication, de fluides, de solutions de lavage, etc. », décrit Nicolas.

« La plupart du temps, on identifie une flore d’altération déjà connue pour certains types de produits, comme avec les bactéries fermentaires ou lactiques par exemple. Parfois, ce sont des flores non connues, non suivies, entraînant une contamination et une dérive du produit. Il y a donc deux cas de figure : celui où nous savons quoi chercher et comment le suivre au cours du temps et celui où on ne sait pas quoi et où chercher », continue Patrice.

Les investigations microbiologiques réalisées par Nexidia correspondent donc des études personnalisées, développées sur-mesure pour les clients. Est-ce que la flore d’altération est spécifique au site de fabrication ? Où se trouve la contamination ? Quelle est sa source ? Pourquoi apparaît-elle maintenant ? Est-ce que cela apparaît de manière saisonnière ? Est-ce que le processus est lié à la température ? Est-ce que cela vient d’un changement de matières premières ? Autant de questions auxquelles Patrice et Nicolas apportent des éléments de réponse grâce à l’étude microbiologique et moléculaire (développement de méthodes microbiologiques spécifiques, séquençage à haut débit, PCR en temps réel, analyse du phénotype, …).

Une offre de service qui se développe

« Nous souhaitons développer notre offre de service à destination des industriels agroalimentaires, notamment en utilisant les nouvelles  technologies afin de mieux appréhender les environnements industriels, les développements des germes impliqués dans les phénomènes d’altération, et apporter une ou des réponses appropriées à la maîtrise de ces flores. Nexidia vient en appui des sociétés de contrôle microbiologique de routine pour accompagner les industriels, pour concevoir des solutions, identifier des pistes de travail, pour limiter les risques d’altération. Nous accompagnons également nos clients sur l’identification des bons acteurs pour améliorer les procédés de nettoyage, sur la validation de ces procédés, ou pour le traitement des matières premières par exemple », concluent Patrice et Nicolas.

Les mots-clés

Flore, altération, microorganisme, industrie, agroalimentaire, analyse, microbiologie, expertise

Envie d'aller plus loin ?

• Site Nexidia
• PROCESS Alimentaire Mai 2007 – N° 1237 – page 76 « Nexidia valide les flores technologiques » Plus d’informations
• Journal du Palais de Bourgogne Du 4 au10 décembre 2006 - N° 4005 – page 6 « La biotech Nexidia va voir le jour fin 2006 » Plus d’informations
• PROCESS Alimentaire Avril 2008 - N° 1247 – pages 109 à 111 « La menace E. coli Shiga » Plus d’informations
• PROCESS Alimentaire Mars 2017 - N° 1345 – « DOSSIER. Crise sanitaire : haro sur les biofilms. Biofilms : des crises à fort retentissement. Les trois moyens de maîtrise. Les nouveaux matériaux antimicrobiens. 25 solutions pour lutter contre les biofilms.