Bactéries pathogènes et d’altération : les avantages de la métagénétique

La contamination des denrées alimentaires par des bactéries d’altération est un domaine complexe. Plus critique, la contamination par des bactéries pathogènes est un risque encouru par toute entreprise agroalimentaire. Des méthodes d’analyse microbiologique normées permettent de les détecter, mais d’autres techniques innovantes apportent une vision globale sur la présence de ces pathogènes (quand il ne s’agit pas d’événements rares) : c’est le cas notamment de la métagénétique. Découvrez dans cet article les avantages de cette méthode avec l’interview d’Abdoulaye Fall, Manager Genalyse Partner chez Quality Partner.

Des enjeux énormes

Altération du goût, modification de la texture, différence entre la DLC en stockage usine et en conditions réelles de stockage… les bactéries d’altération sont à l’origine de nombreuses pertes en production agroalimentaire. Très coûteux pour une entreprise, ce risque est pourtant évitable si les bonnes mesures sont anticipées.

Beaucoup plus critique, la lutte contre la contamination par bactéries pathogènes doit être une priorité pour toutes les entreprises. Si une usine n’est pas un vase clos, et que le risque zéro ne peut malheureusement jamais être garanti, il est indispensable pour les professionnels de s’assurer que les bonnes mesures sont prises pour garantir l’innocuité des produits. Car les enjeux sont énormes : sécurité sanitaire en premier lieu, et pour l’assurer lorsqu'une entreprise se trouve dans des conditions critiques de contamination, rappel de produits, arrêt d’une ligne de production, voire fermeture d’usines…

Pour se prémunir face à ces risques, des méthodes innovantes d’analyse microbiologique ont vu le jour et méritent votre intérêt. La métagénétique présente notamment de nombreux avantages et permet de répondre à des questions cruciales pour une entreprise agroalimentaire : votre produit est altéré du fait de l’activité microbienne ? Si oui, quelle est sa composition microbienne, quelles sont les flores microbiennes impliquées ? pourquoi ? Et quelles sont les perspectives d’amélioration ?

Avantage #1 : une cartographie précise en une seule mesure

« Le premier avantage que présente la méthode de la métagénétique, c’est celui de pouvoir cartographier en une seule analyse la majorité des espèces bactériennes ou de levures/moisissures présentes dans un produit alimentaire », présente Abdoulaye FALL, Manager Genalyse Partner chez Quality Partner, société indépendante spécialisée dans le contrôle qualité pour l’industrie agroalimentaire, cosmétique et pharmaceutique.

« Avant cette méthode, avec des analyses microbiologiques traditionnelles », explique-t-il, « il était possible d’identifier des groupes, des familles de bactéries, mais pas les individus précis pour certaines applications. La métagénétique repose sur le séquençage haut débit d’un gène (ARNr 16S) à la fois commun à toutes les bactéries, mais renfermant suffisamment de différences riches en informations pour nous permettre de les identifier de façon individuelle et précise au niveau de l’espèce. »

Avantage #2 : l’exclusion de flores bactériennes spécifiques

En complément du service de métagénétique classique, Quality Partneer a développé et continue de développer des exclusions spécifiques de bactéries (ferments, starter…)  présentes dans certains types de produits. C’est le cas notamment pour les yaourts, puisque la présence de 2 bactéries (Lactobacillus delbrueckii subsp. Bulgaricus et Streptococcus thermophilus) est obligatoire pour obtenir l’appellation « yaourt ». Lors d’analyse métagénétique classique ces deux bactéries seront inévitablement identifiées en grande majorité dans le produit. « Afin de ne mettre en évidence que la présence de bactéries éventuellement indésirables dans la flore sous dominante, il est nécessaire d’exclure ces deux ferments. Avec cette méthode, nos laboratoires permettent aux industriels d’anticiper des problèmes d’altération », précise Abdoulaye.

Avantage #3 : la distinction entre les bactéries vivantes et mortes

Pasteurisation, traitement thermique ou drastique… : dans votre usine, vous mettez en œuvre plusieurs procédés pour détruire ou minimiser la présence de certains types de bactéries. Comment s’assurer que ces procédés soient réellement efficaces, que les bactéries présentes soient intégralement éradiquées ?

Pour Abdoulaye Fall, le risque existe toujours : « certaines bactéries peuvent également prendre la forme de spores et se mettre en situation d’hibernation… Lorsqu’elles retrouvent des conditions favorables à leur croissance, elles peuvent germer et causer des problèmes d’altération. »

« De la même façon que nos méthodes métagénétiques peuvent exclure des bactéries spécifiques, elles rendent aussi possible l’exclusion des bactéries mortes pour nous concentrer que sur les vivantes – actives. C’est une avancée considérable pour les industriels, qui sont alors capables de valider ou améliorer leur process de pasteurisation ou de décontamination suivant les cibles bactériennes. »

Avantage #4 : l’anticipation de problématiques et l’apport de solutions

Anticiper l’apparition de risques d’altération ou de contamination : c’est tout l’enjeu de la métagénétique appliquée aux denrées alimentaires. Pour Abdoulaye, l’avancée considérable de cette méthode se situe non seulement dans l’anticipation des problématiques, mais aussi dans l’automatisation du traitement bioinformatique des données développée par Quality Partner pour l’obtention rapide de résultats complets.

« En seulement 10 à 12 jours, voire moins selon les urgences, cette méthode nous permet d’obtenir des résultats qui permettent d’identifier les causes et de trouver des solutions. »

Il se rappelle : « nous étions intervenu à la demande d’un industriel qui se trouvait dans une impasse sur l’identification d’un altérant depuis des mois. La ligne de production avait dû être mise à l’arrêt. En deux semaines, grâce à la métagénétique, nous avions identifié de manière précise l’espèce microbienne impliquée (altérant complètement inattendu pour l’industriel), et avons même identifié la venue d’un autre problème. Nous lui avons donc apporté des conseils sur le process et le stockage des denrées pour éviter l’apparition du problème. »

Lutter contre les pathogènes et flores d’altération : un colloque à ne pas manquer

En parallèle de la métagénétique, selon les secteurs d’activité, d’autres méthodes innovantes sont également mises en œuvre : la méthode qPCR spécifique par exemple, qui permet de quantifier de manière globale la flore bactérienne (qPCR flore totale) ou bien de manière ciblée (pathogène, altérants..) une bactérie ou une levure dans un produit. Cette quantification spécifique peut être appliquée pour deux souches de la même espèce bactérienne. Quality Partner dispose aussi d’une unité pilote L2+ (manipulation de Clostridium, Listeria monocytogenes..) pour la réalisation de challenge-tests visant à étudier le comportement et le devenir de certaines flores microbiennes sur les produits. Des essais de biopréservation peuvent aussi y être menés.

Pour découvrir les avancées techniques dans le domaine, et échanger en direct avec Quality Partners sur le sujet, ne manquez pas le colloque « Lutter contre les flores pathogènes et d’altération dans les industries agroalimentaires » qui se tiendra le 9 février prochain à Dijon. Programme et inscription sur ce lien. Adhérents de Vitagora, bénéficiez d'avantages pour vous y inscrire (gratuit pour les adhérents "tous services" et tarifs préférentiels pour les adhésions simples) !